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 Stargate Universe segue as aventuras de uma equipe de jovens e ainda inexperientes exploradores a bordo de uma nave dos Antigos chamada Destiny. Sem saber que ela está programada para percorrer vastas regiões não exploradas do Universo, o grupo fica preso na nave e precisa lidar com a nova realidade de que não voltará mais para a Terra. A idéia é que este tipo de situação sirva para trazer histórias mais íntimas e ligadas aos personagens, divergindo das tramas mais fechadas e cheias de ação das canceladas Stargate SG-1 e Stargate Atlantis.